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——外顯子組測(cè)序鑒定范可尼貧血癥患兒分子缺陷
上海兒童醫(yī)學(xué)中心檢驗(yàn)科傅啟華教授團(tuán)隊(duì)與天昊生物合作，利用全外顯子組測(cè)序技術(shù)成功的鑒定出一例范可尼貧血癥兒童的分子缺陷，文章發(fā)表于gene雜志。天昊生物為此項(xiàng)研究提供了外顯子組測(cè)序及后續(xù)生物信息分析的工作，天昊生物生物信息部經(jīng)理李才華作為文章的作者之一分享了這一研究成果。
范可尼貧血（Fanconi anemia）是一種罕見(jiàn)的常染色體隱性遺傳性血液系統(tǒng)疾病，以幼年發(fā)生的進(jìn)行性骨髓衰竭和多發(fā)性的先天畸形為本病的兩大重要特征。該病讓細(xì)胞不能修復(fù)DNA損傷，因?yàn)樾迯?fù)能力的缺乏，范可尼貧血癥患者是很多癌癥的高危人群，尤其是白血病以及頭部和頸部癌癥。
研究表明，范可尼貧血根據(jù)致病機(jī)理至少可以分為15個(gè)基因亞型，最經(jīng)典的診斷方法通常是通過(guò)交聯(lián)劑（ICLs）或者絲裂霉素C（MMC）誘導(dǎo)的染色體斷裂試驗(yàn)來(lái)評(píng)估病人的細(xì)胞敏感性。對(duì)于范可尼貧血癥患者來(lái)說(shuō)進(jìn)一步確診其相應(yīng)的分子缺陷是個(gè)很大的挑戰(zhàn)。傳統(tǒng)的突變分析受到各種因素制約而難以開(kāi)展，如果通過(guò)互補(bǔ)分析法獲得候選基因再結(jié)合桑格爾測(cè)序或多重連接探針擴(kuò)增技術(shù)也可以確定突變。但是互補(bǔ)分析也受到各種條件制約，所以如果跳過(guò)互補(bǔ)分析，直接進(jìn)行高通量測(cè)序，是個(gè)很好的選擇，也是目前臨床醫(yī)學(xué)越來(lái)越普遍的方法。
在本研究中，傅啟華教授團(tuán)隊(duì)通過(guò)臨床特征結(jié)合各項(xiàng)理化指標(biāo)及體外實(shí)驗(yàn)，確診為FA，未進(jìn)行互補(bǔ)分析，直接外顯子組測(cè)序，發(fā)現(xiàn)了4個(gè)雜合突變位點(diǎn)。值得注意的是有兩個(gè)雜合位點(diǎn)均位于FANCA 基因。桑格爾測(cè)序驗(yàn)證了這兩個(gè)突變分別來(lái)自患兒的父母。并且其中一個(gè)突變位點(diǎn)是未報(bào)道過(guò)的位點(diǎn)c.989_995del。在接下來(lái)的交聯(lián)劑（ICLs）誘導(dǎo)的染色體斷裂實(shí)驗(yàn)中，證明了該位點(diǎn)的存在增加了基因組的不穩(wěn)定性，該位點(diǎn)的致病性得到了進(jìn)一步的驗(yàn)證。當(dāng)然如果這個(gè)位點(diǎn)在其他的病人中得到進(jìn)一步的驗(yàn)證，會(huì)成為該位點(diǎn)致病性的更有力證據(jù)。
在外顯子組測(cè)序過(guò)程中，天昊生物借助多名長(zhǎng)期從事于基因及遺傳分析領(lǐng)域的專家對(duì)測(cè)序結(jié)果進(jìn)行了專業(yè)細(xì)致的分析，協(xié)助傅啟華教授團(tuán)隊(duì)得到了可喜的科研成果。希望我們精湛的技術(shù)、豐富的專業(yè)知識(shí)與真摯的態(tài)度能協(xié)助更多科研工作者在攀登科學(xué)高峰的荊棘路上攻克技術(shù)難題，突破科研瓶頸，取得豐碩的科研成果。 文章信息 Zhaojing Zheng, Juan Geng, Ru-en Yao, Caihua Li, Daming Ying, Yongnian Shen, Lei Ying, Yongguo Yu, Qihua Fu. Molecular defects identified by whole exome sequencing in a child with Fanconi anemia. Gene. 530 (2013) 295–300  |
